Дзейства гульні пачынаецца з кардонам, у якім размясціўся нейкі Сідаровіч, які выратаваў галоўнаму герою жыццё. Ён жа і ўводзіць гульца ў курс справы, тлумачыць, што да чаго, якая сягоння абстаноўка ў Зоне. Варта ўлічыць той факт, што наш персанаж забыўся ўсё, што адбывалася з ім да гэтага, і ён не памятае роўным лікам нічога: кім быў, што з сябе ўяўляў і чым жыў.
Адзінае, што ўсплывае з недакладных расплывістых вобразаў свядомасці - слова "Стралок". З Сідаровічам таксама можна гандлявацца (калі, вядома, ёсць чым). Затым наш выратавальнік папросіць адплаціць паслугай за паслугу - дапамагчы сталкерам напасці на логава разбойнікаў. Для гэтага трэба выбрацца вонкі і знайсці Ваўка - кіраўніка дадзенай аперацыі. У ходзе выканання місіі Стралок атрымае сваё першае агнястрэльная зброя - пісталет і некалькі патронаў. Карыстаючыся міні-картай, не складзе працы вызначыць месцазнаходжанне ворагаў (яны пазначаныя чырвонымі кропкамі). Пасля выканання задання Сідаровіч шчодра ўзнагародзіць новую ўзыходзячую асобу на Зоне. Гульня "Сталкер: Цені Чарнобыля", праходжанне якой прадстаўляецца ў выглядзе небяспечнага прыгоды па радыеактыўнай Зоне, паднясе гульцу масу новых уражанняў, перакідаючы яго ў розныя лакацыі і сітуацыі. Пасля выканання свайго першага задання Стралок працягне працаваць на Сідаровіча. Але ў гэты раз усё аказваецца значна больш сур'ёзна - неабходна пракрасціся на тэрыторыю ваенных, якія ахоўваюць выхад з Зоны, і скрасці ў іх засакрэчаныя дакументы. Выканаўшы місію, можна адпраўляцца далей, углыб Зоны.
Па ходзе руху Сідаровіч паведаміць па рацыі, што нейкі сталкер па мянушцы Ліс мае інфармацыі аб стрэлцы. Аказаўшы яму невялікую дапамогу, можна атрымаць каштоўную інфармацыю аб кантакце на Шэрага, які ведае больш, чым кажа. Гульня "Сталкер: Цені Чарнобыля", праходжанне якой падобна на нейкую дэтэктыўную ланцужок, пазнаёміць гульца з многімі жыхарамі зоны: ветлымі і злымі, добрымі і небяспечнымі, сумленнымі і карыслівымі. Але на сметніку, шчыра сказаць, светлых і прыстойных людзей амаль не засталося. Невялікі атрад трымаецца ў ангары, раз ад разу адбіваючы напады бандытаў. Натуральна, што наш безыменны герой гатовы аказаць пасільную дапамогу. Далей трэба забраць ўзнагароджанне і рухацца на поўнач. Мінанне гульні "Цень Чарнобыля" будуецца на паслядоўным вывучэнні лакацый, на якіх геймеру трэба будзе выканаць шэраг асноўных і пабочных (па жаданні) заданняў. Пагаварыўшы з Шэрым, даведаемся аб нейкім тайніку, схаваным пад фабрыкай. Раней гэта быў схованка Стрэлка. Магчыма, атрымаецца знайсці там якую-небудзь карысную інфармацыю. Для гэтага трэба спусціцца ў каналізацыю, якая нашпігаваная анамаліямі і бандытамі. Дабраўшыся да патрэбнага месца, забіраем флешку з дадзенымі і ўсё, што трапіцца пад руку. Дарэчы, гэта вельмі важная дэталь гульні "Stalker: Цень Чарнобыля".
Мінанне гульні будуецца такім чынам, што карыстальніку проста жыццёва неабходна збіраць разнастайныя харчы і рыштунак, якое ён толькі зможа знайсці. У Зоне няма такога паняцця "шмат", тут усё трэба эканоміць і берагчы. Далей па сюжэтнай лініі трэба знайсці яшчэ адны дакументы ваенных, якія ляжаць у НДІ аграпрама. Забраўшы іх, можна з чыстым сэрцам адпраўляцца ў новую лакацыі, дзе размешчана адно з самых людных месцаў - бар "100 Рэнтген". Там жа і пачынаецца адна з самых наймацнейшых завязак ў гульні "Сталкер: Цені Чарнобыля". Праходжанне з кожнай выкананай місіяй будзе станавіцца ўсё цяжэй і цяжэй, тым самым падганяючы геймера. Далей гульца чакаюць неверагодныя і містычныя падарожжа па двух лабараторыям, забароненай тэрыторыі, перапоўненай зомбі і іншымі жудаснымі істотамі. У канцы кожны можа ўбачыць розную канцоўку, усё залежыць ад дзеянняў, якія карыстальнік прымаў падчас праходжання асноўных місій у гульні "Сталкер: Цені Чарнобыля". Праходжанне дадзенай гульні займальна і арыгінальна, бо на дадзены момант не існуе аналагічнага праекта, які апісвае містычную Зону, размешчаны вакол ЧАЭС.